Pada 1980-an kerajaan India terpaksa memihak kepada kerajaan Sri Lanka bagi menggempur LTTE. India ingin dilihat sebagai pihak yang berkecuali dan tidak mahu berperang dengan negara Sri Lanka. Selain itu , perjuangan LTTE akan memberi semangat kepada penduduk Tamil Nadu untuk turut menuntut kemerdekaan Tamil Nadu. Sejak 1980-an, RAW menyediakan senjatam latihan dan kewangan kepada pejuang LTTE di Sri Lanka, termasuk kepada TELO.

Pada 5 Jun 1987, Tentera Udara India menggugurkan makanan kepada penduduk di Jaffna yang ketika itu sedang diserang oleh tentera Sri Lanka. 25 tan makanan dan ubat-ubat digugurkan menggunakan paracut. Apabila rundingan damai Indi-Sri Lanka ditandatangani pada 29 Julai 1987 antara Perdana Menteri India, Rajiv Gandhi dan Presiden Sri Lanka, Junius Richard Jayewardene. Sri Lanka setuju beberapa syarat seperti meletakan bahasa Tamil dalam Perlembagaan Sri Lanka, kuasa di wilayah utara, gabungan utara dan timur laut menjadi satu sahaja dan lain-lain syarat. Pejuang LTTE enggan melucutkan senjata para pejuang mereka. Ini menyebabkan PMKI yang sebelum ini berbaik-baik dengan LTTE telah mengambil tindakan keras terhadap LTTE.

Dalam pada itu kumpulan Marxist/ komunis di selatan Sri Lanka semakin meningkatkan perjuangan. Pemimpin Marxist ini ialah Janatha Vimukthi Peramuna. Sentimen anti Tamil semakin meningkat di kalangan pemimpin Singhala. Mereka mendesak kerajaan Sri Lanka mengeluarkan tentera India dari bumi mereka. Tentera Sri Lanka hendaklah mengambil alih tugas tentera India di utara. Akibat tekanan ini, Rajiv Ghandhi mengeluarkan PMKI dari Sri Lanka. Perdana Menteri India yang baru selepas pilihan raya India 1989 iaitu VJ Singh menyeru ke arah perdamaian. Kapal terakhir India meninggalkan Sri Lanka ialah pada 24 Mac 1990. Selama PMKI berada di Sri Lanka, seramai 110 tentera India dan lebih 5000 Sri Lanka terbunuh. Kos melibatkan 20 bilion rupee.

Pembunuhan Rajiv Ghandhi

Sokongan India terhadap LTTE semakin berkurang selepas 1991. Pembunuhan Rajiv Ghandhi dilakukan oleh penyerang berani mati Thenmuli Rajaratnam. Akhbar The Indian Press menyatakan Prabhakaran yang memutuskan supaya Rajiv dibunuh kerana menggagalkan perjuangan Tamil. Jika Rajiv menang dalam pilihan raya 1991 itu, Prabhakaran akan dianggap sebagai 'askar syaitan'. Pada 1998, mahkamah India , hakim V. Navaneetham memutuskan bahawa Prabhakaran bertanggungjawab terhadap pembunuhan Rajiv Ghandhi.

Sokongan Pan-Tamil